אריה בן-אליעזר יזם מהלך לשחרור מספר חיילים יהודים, ובהם בגין, מהצבא הפולני. לאחר מספר שבועות של משא ומתן יצאו ארבעה חיילים, ובגין בתוכם, לחופשה ללא תשלום שאינה מוקצבת בזמן, ממנה לא חזר מעולם. בסוף 1943, בגיל 30, עזב כטוראי את הצבא והפך למפקד האצ"ל.

בגין החל בארגון מחדש של האצ"ל. לסיגנו מינה את מרידור, והמפקדה צומצמה לשלושה: בן אליעזר, אליהו לנקין ושלמה לב עמי (לוי). כינויו המחתרתי הראשון של בגין היה "בן דוד". ב-1 בפברואר 1944 פורסם הכרוז הראשון שבו ניכרת רוחו של מנחם בגין. בכרוז, תחת הכותרת "אל העם העברי בציון", הואשם השלטון הבריטי כי למרות סיועו של היישוב העברי, בגד זה באומה העברית ובציונות הממלכתית, ולכן אין לאומה מנוס פרט למלחמה ישירה נגדו. נאמר בו "נלחם, כל יהודי במולדת ילחם, – אלוהי ישראל, אל צבאות, יהיה בעזרנו. אין נסיגה, חרות – או מות. חומת ברזל תיצרו סביב הנוער הלוחם שלכם".

מנחם בגין כאשר הוא היה מנהיג אצ"ל

בארבע השנים שבהן פיקד בגין על אצ"ל ביצע הארגון קרוב ל-300 פעולות. בולטות ביניהן היו פיצוץ מלון המלך דוד ביולי 1946, באגף בו שכן מרכז השלטון הבריטי, פריצת כלא עכו ושחרור אסירי אצ"ל ולח"י ממנו במאי 1947 ומבצע אצ"ל בכיבוש יפו.

הבריטים לא הצליחו לתפוס את בגין. בתחילת המרד הוא הסתתר במלון "סבוי" כחודשיים, לשם בהמשך הועברו אשתו ובנו. כשראה מחלון חדרו פשיטה של הבריטים, החליט לעבור למקום מסתור אחר. בגין הועבר לשכונת מחנה יהודה שבפתח תקווה שם התגורר תקופת מה בבית מבודד בקצה המושב, אולם הוא בלט במראהו השונה על רקע בני המקום, היהודים התימנים, ולכן הועבר לדירת מסתור נוספת בפתח תקווה, בשכונת "חסידוף", תחת השם הבדוי "ישראל הלפרין", שם שהה עם אשתו ובנו במשך 9 חודשים. לאנשי המקום נאמר שראש המשפחה, המתפרנס מסיועו של ארגון הפליטים, הוא עורך דין הלומד את החוק הארצישראלי ולכן שוהה רוב הזמן בבית עד לבחינה. לאחר מכן עבר לצפון תל אביב, לרחוב יהושע בן נון, שם התחפש לאברך בישיבה והשתמש בשם "רבי ישראל ססובר".

בגין קבע סייגים נוקשים למלחמה בשלטון הבריטי. המלחמה לפי שיטתו כוונה אל הצבא, אל חייליו ואל מתקני השלטון. מבחינתו צריך היה להימנע מכל פגיעה באוכלוסייה אזרחית. עם זאת היו גם קורבנות רבים מקרב הבריטים, הערבים והיהודים. כתגובה, פתח היישוב ובראשו ארגון ההגנה ב"סזון" – מעשי רדיפה נגד אנשי אצ"ל שלא קיבל את מרות הנהגת היישוב. בגין נתן הוראה חד-משמעית לאנשי הארגון: "לא תהיה מלחמת אחים". הוא אסר להגיב באלימות על המאסרים והכליאות שנגרמו כתוצאה ממעשי יריבי אצ"ל ביישוב היהודי, והורה להבליג על כך.

ב-3 בספטמבר 1947, ימים ספורים לאחר פרסום דו"ח ועדת אונסקו"פ, הביע דעתו בשידור רדיו נגד תוכנית החלוקה ואמר:

ברור לכל מי שאינו מוכן למכור למען חיי שעה עלובים את מולדתו ולהפקיר, למען שלוותו החולפת, את עמו, כי "פתרון" החלוקה, אם יבוצע, כמוהו כשואה לאומית היסטורית. העם היהודי ייקרא למנוע את השואה הזאת.

במאי 1948 תם המנדט הבריטי על ארץ ישראל. קיים ויכוח ער בין היסטוריונים עד כמה היו הפעולות הצבאיות של המחתרת גורם אשר זירז את יציאת הבריטים מארץ ישראל והעלה את המאבק לעצמאות יהודית על סדר היום של המדיניות העולמית.

ביום שלמחרת הכרזת המדינה, ב-15 במאי, נשא בגין את קריאתו האחרונה לחבריו במחתרת דרך תחנת השידור של אצ"ל, "קול ציון הלוחמת". בין היתר אמר בה:

קמה מדינת ישראל. והיא קמה "רק כך": בדם, באש, ביד חזקה ובזרוע נטויה, בייסורים ובקורבנות. אחרת לא יכלה לקום... הארגון הצבאי הלאומי נוטש את המחתרת בגבולות המדינה העברית העצמאית... אין צורך במחתרת עברית. במדינת ישראל נהיה חיילים ובונים. לחוקיה נשמע, כי חוקינו הם. ואת ממשלתה נכבד, כי ממשלתנו היא... הפרס האמיתי שלנו יהיה כשנזכה - אם נשוב חיים מן החזית - לפשוט בערי ארצנו, הריה ועמקיה, ולראות ילדים עבריים משחקים לאין מחריד, ומעל ראשיהם הפעוטים, החביבים מכל חביב, חג אווירון עברי, ומולם בא חייל עברי, ומרחוק משקשקת רכבת עברית. אהה, אחים, היש אושר גדול מאושר זה?

ב-1 ביוני 1948 חתם בגין על הסכם עם נציג הממשלה הזמנית ישראל גלילי, ובכך החל פירוקו של אצ"ל והשתלבותו בצה"ל. ההסכם קבע כי ייפסקו פעולות אצ"ל "כחטיבה צבאית במדינת ישראל ובתחום ממשלת ישראל". בירושלים הנצורה נשמר מעמדו העצמאי של הארגון.

עם סיומו של המנדט הבריטי עלה בגין מן המחתרת. נאום פומבי ראשון נשא בגין בירושלים. נאומו הגלוי השני התקיים בתל אביב ב-14 באוגוסט, בבית הקולנוע הגדול "גן רינה" ברחוב בן יהודה. אלפים רבים (לפי הערכת העיתונים: 15,000) הגיעו לצפות בגלוי במי שהיה מפקד מחתרת חשאית, ולפני כן רק קולו נשמע ברדיו. כאשר עלה לבמה התקבל במחיאות כף רמות. הוא פתח במילים: "שלום לך תל אביב תכלת-לבן" – אותן מילים שבהן היה פותח ז'בוטינסקי, שתמונתו הגדולה הייתה תלויה על הבמה, את נאומיו בתל אביב.